WARNA:

PUTIH – Melambangkan kesucian dan kemurnian hasrat dan matlamat dalam pendidikanMERAH – Tanda berani dan cekal hati dalam menghadapi apa jua halangan dan cabaranBIRU – Tanda tekun dan usaha yang berterusan di samping memastikan keseimbangan jasmani, emosi, rohani dan intelekHIJAU – Sebagai lambang kedamaian dan kepatuhan pada peraturan sekolahCOKLAT – Tanda tegas dan teguh pendirian. Warna ini juga merupakan warna rasmi SMK Keningau IINota: Kombinasi warna Merah, Biru dan Putih adalah warna asas bagi bendera negeri Sabah.

LAMBANG

BUKU – Lambang ilmu pengetahuanPENA – Lambang kreativiti guru dan pelajar5 BULATAN – Tanda sokongan dn perpaduan daripada komuniti sekoalh yang terdiri daripada pelbagai etnik, agama dan budaya dalam menjalankan proses pengajaran dan pembelajaran termasuk aktiviti akademik, sukan, unit beruniform, kelab dan persatuan kea rah kecermelangan1997 ( 1417 ) – Merupakan titik mula SMK Keningau II dibuka untuk sesi pengajaran dan pembelajaran